El programa cumple con la estructura enunciada en el Acuerdo 06 del 2006, promoviendo en su interior la investigación como un proceso que busca analizar, describir y obtener información relevante con respecto a las áreas del conocimiento relacionadas con la Educación Física, la Recreación y los Deportes. Reconoce como principios rectores de la investigación la libertad, la igualdad, el pluralismo, la autonomía, la democracia, la innovación, el rigor científico y tecnológico y la proyección social.
Como fases de la actividad investigativa al interior del programa se retoman: 1. La formación académica para la investigación, 2. La aplicación de conocimiento para la investigación y 3. La investigación científica. Complementariamente se asumen la investigación formativa e investigación educativa y pedagógica como la manera en que se propicia el ambiente investigativo dentro del programa.
Los grupos de investigación del programa se encuentran clasificados por Colciencias en categoría.
- Humanismo, Sociedad y Educación Física, categoría
- Educación Física y Desarrollo Humano, Categoría Con(s) CIENCIA: Bioética, Biopolítica y Ecología Humana, inscrito y en proceso de reconocimiento ante Colciencias.
Para la divulgación de los productos de investigación la universidad Libre y el programa, a través del comité Editorial evalúa y tramitan la publicación, para ello existe el Acuerdo 01 de diciembre 11 de 2013, donde se especifica toda la política institucional para la publicación en la universidad.