Para el programa de Microbiología la investigación es parte fundamental en la formación integral de sus estudiantes, ha venido desarrollando investigación básica y aplicada a través del grupo de Investigación en Microbiología y Biotecnología, “MICROBIOTEC”, con el propósito de generar conocimiento en las áreas de microbiología, biología molecular, biotecnología y la seguridad alimentaria, contribuyendo de esta forma al desarrollo regional y nacional. Adicionalmente, contribuir a la formación de investigadores de la Universidad Libre, con un alto nivel académico y científico, enmarcado dentro de los principios institucionales, por medio de proyectos de investigación y convenios interinstitucionales con otras universidades, centros de investigación y empresas dedicadas a la ciencia, la tecnología y la innovación.
En la actualidad, el Grupo de Investigación en Microbiología y Biotecnología, trabaja dos líneas de investigación: Procesos Biotecnológicos y Seguridad Alimentaria.