La Maestría en Epidemiología ha realizado alianzas para la puesta en marcha de sus procesos investigativos, estas son las alianzas estratégicas de la maestría:
- Convenio marco de cooperación académica con la Universidad Privada Norbert Wiener del Perú.
- Secretaria de Salud Pública Municipal de Cali.
- Universidad Icesi.
- Clínica Imbanaco S.A.
- Centro Internacional de Entrenamiento en Investigaciones Médicas (CIDEIM).
- Clínica Versalles S.A.
- Hospital Universitario Fundación Valle del Lili.
- Universidad de Concepción.
- Fundación Clínica Infantil Club Noel.
- Asociación Colombiana de Infectología ACIN.
- Instituto Nacional de Salud.